Ključna razlika: Pinocytosis je apsorpcija tekućina, dok je fagocitoza apsorpcija čvrstih predmeta koji su u biti hrana za stanicu.
I pinocitoza i fagocitoza su vrste endocitoze. Endocitoza je proces kojim stanice apsorbiraju molekule tako da ih zahvaćaju. Te molekule često uključuju proteine i druge tvari koje su važne za postojanje stanice. Proces endocitoze koriste sve stanice jer su molekule velike polarne molekule koje ne mogu proći kroz hidrofobnu plazmu ili staničnu membranu.
Pinocitoza je apsorpcija tekućina, dok je fagocitoza apsorpcija čvrstih predmeta koji su u biti hrana za stanicu. Gotovo sve stanice izvode pinocitozu, ali fagocitozu obavljaju samo specijalizirane stanice koje štite tkiva gutanjem bakterija, staničnih ostataka i drugih abnormalnih materijala.
Pinocitoza je u biti proces apsorpcije tekućine zajedno sa sadržajem u stanicu. Stanica to čini tako što formira uske kanale kroz svoju membranu. Ovi kanali okružuju tekućinu i sve njezine sadržaje, a zatim se stisnu u vezikule, te se tekućina uspješno apsorbira u stanicu. Potom se molekule spajaju s lizosomima kako bi se hidrolizirale ili razgradile. Proces pinocytosis zahtijeva puno energije u obliku adenozin trifosfata. To je kemijski spoj koji se obično koristi kao energija u većini stanica.
Fagocitoza je proces apsorbiranja i gutanja čestica u stanici i mnogih prosvjeda, kao što je ameba za stjecanje hranjivih tvari. Proces apsorpcije sličan je pinocitozi, osim što je umjesto tekućine apsorbirana tvar esencijalna hranjiva, koja su okružena kanalom, a zatim stisnuta u vezikule. Hranjive tvari se zatim spajaju s lizosomima i razgrađuju enzimima. Svaki otpadni materijal zatim se izbacuje iz ćelije.
Fagocitoza je sinonim za jedenje za jednostanične organizme, no u višestaničnim životinjama taj je proces prilagođen eliminiranju otpada i krhotina, za razliku od uzimanja hranjivih tvari i goriva za stanične procese. To je osobito slučaj kod stanica imunološkog sustava koje koriste fagocitozu za uklanjanje patogena i drugih staničnih ostataka, uključujući, ali ne ograničavajući se na bakterije, stanice mrtvog tkiva i male mineralne čestice.
Supstanca koja se apsorbira fagocitozom može biti velika kao stanica, što zahtijeva da stanica stvara dovoljno vezikule da okružuju hranjive tvari. Međutim, u pinocytosis, mjehurići su mnogo manji, jer oni samo trebaju okružiti tekućine, koje nemaju određeni oblik. Tehnički, pinocytosis djeluje kao fagocitoza, jedina razlika je u tome što je fagocitoza specifična u tvarima koje transportira. To je zbog činjenice da fagocitoza zahvaća cijele čestice, koje se kasnije razgrađuju enzimima i apsorbiraju u stanice, dok pinocitoza uglavnom apsorbira već otopljenu ili razbijenu hranu.