Ključna razlika: Shia je jedna od dvije glavne sekte islama, a druga je sunitska. Ismaili je podjela unutar šiitske sekte. Podjela je posljedica odabira imama.
Prije nego što shvatite kako se šijiti podijele na ove tri grane, važno je razumjeti kako su nastale razlike između sunita i šiita. Pod Muhammedom su svi muslimani smatrani jednim. Muhammed se smatra konačnim Božjim prorokom. Razlike su uslijedile nakon Muhammedove smrti. Muhamed je umro bez da je službeno proglasio nasljednika da vodi muslimansku zajednicu. Postojala su dva glavna kandidata: Abu Bakr (Muhammedov otac) i Ali (Muhammedov rođak i zet). Sunitski su izabrali Abu Bakra, prijatelja i pouzdanika Muhameda kao kalifa koji je vodio i savjetovao. Međutim, šijiti su vjerovali da kalifat treba ostati u obitelji Muhammeda i stoga je preferirao Alija kao vođu. Ali je postao četvrti kalifat pod sunitskom vladavinom. Osim toga, postoje i druge male razlike u pogledu toga kako mole i što vjeruju. Zbog tih razlika između šiita i sunita, stalno se sukobljavaju dvije sekte islama.
Shia se također suočila s nekim unutarnjim neslaganjima glede imama i koji bi trebali voditi kao imama. Pod šiitskim islamom, imam se smatra vođom na koju se gleda kao na vodstvo za sve aspekte života. Prema shia doktrini, Imama je božanska institucija koja je naslijedila instituciju Poslanstva. Oni vjeruju da su imami birani i birani od božanskih bića, oni imaju potpuno znanje i mogu ispravno protumačiti Qu'ran. Sada se razlika između Shia razlikuje zbog izbora Imama. Ismaili je ogranak šiitskog islama koji je nazvan po Ismailu ibn Ja'faru, za kojeg vjeruju da je s pravom imenovan imama ili duhovni nasljednik. To se razlikuje od dvanaestorice koja vjeruje da je Mūsà al-Kāżim, mlađi brat Ismaila, kao istinski imama.
Ismailizam je u jednom trenutku bio najveća grana Shisima koja je bila u političkoj vlasti tijekom desetog i dvanaestog stoljeća. Budući da je ismalizam grana i dio šija, oboje dijele mnoga uvjerenja, uključujući i to da postoji samo jedan pravi Bog i da bi imami trebali biti potomci Muhameda kroz njegovu kćer, Fatimu. I Shias i Ismaili vjeruju da je obitelj Muḥammada (Ahl al-Bayt) božanski izabrana, nepogrešiva i vođena od Boga da vodi islamsku zajednicu.
Nizari Ismaili je put (tariqah) šiitskog islama, naglašavajući socijalnu pravdu, pluralizam i ljudski razum u okviru mistične tradicije islama. Smatra se drugom najvećom granom islama i čini većinu Ismailija. Mustaali Ismaili je sekta Ismaili Shia islama. Glavna razlika između Nizari Ismaili i Mustaali Ismailija je tko je trebao voditi kao imama. Nizaris je prihvatio Imama Nizara (prvog) kao devetnaestog imama, dok Mustaalis smatra da je mlađi brat Nizar Mustali. Nizari muslimane trenutno vodi Aga Khan IV, koji je poznat kao Imam Shah Karim.
Prema Wikipediji, “Musta'liyyah se također nazivaju Taiyabi ili yayyibi, nakon posljednjeg Imama kojeg prepoznaju, yayyib Abī l-Qāṣim. Povijesno gledano, postojala je razlika između yayyibiyyaha i āfiziyyaha, koji je prepoznao Fatimidske vladare Egipta (između 1130.-1169.) Kao legitimne Imame, a ne yayyib Abī l-Qāim. Hafizin pogled izgubio je svu potporu nakon pada Fatimidske dinastije: današnji Musta'liyya su svi yayyibiyyah. Najveća grupa Mustaali je Bohra, a najveća grupa Bohra je Dawoodi Bohra, uglavnom pronađena u Indiji. Ime Bohra je reinterpretacija gudžaratske riječi vahaurau ("trgovati"). Ljudi iz Bohre čine dvije glavne skupine: većinom trgovačku klasu i većinu sune, uglavnom seljačke poljoprivrednike.
Shia i Ismaili su vrlo slični u svojim uvjerenjima i kulturama, kao što su ismailiti dio šiitske sekte. Sve sekte dijele isto uvjerenje o Allahu i Muhammedu. Allah se vjeruje jednom i istinitom Bogu, a Muhamed je posljednji Božji prorok.