Ključna razlika: Archaea su jednostanični organizmi kojima nedostaje jezgra i oslobađaju metan kao produkt metabolizma. Bakterije su jednostanični organizmi kojima nedostaje jezgra, mitohondriji, kloroplasti, glibela i ER.

Organizmi su važni za naše postojanje kao ljudi i sva druga živa bića evoluirala su od njih. Organizmi se mogu svrstati u dvije kategorije: eukariota i prokariote. Prokariotski mikroorganizmi mogu se dalje svrstati u tri domene: eukarya, bakterije i arheje. To može postati pomalo zbunjujuće jer su ova dva slična u izgledu i često se mogu zbuniti na temelju izgleda samoga, iako se oni međusobno razlikuju na mnogo načina.

Archaea je domena jednoćelijskih mikroorganizama. Arheje su izvorno svrstane pod prokariote kao arhebakterije, ali se ova klasifikacija sada smatra zastarjelom. Archaea je sada prikladna domena u sustavu s tri domene za tip jednoćelijskih organizama jer oni imaju neovisnu povijest i imaju mnogo razlika u odnosu na druge mikroorganizme. Arheje se dalje dijele na četiri prepoznate vrste, ali može postojati mnogo više fila. Riječ 'archaea' potječe od starogrčke ἀρχαῖα, što znači "drevne stvari". Archaea mikroorganizmi nemaju staničnu jezgru niti bilo koju drugu membranu vezanu za organele unutar svojih stanica. Arheje su najprije podijelili u zasebnu skupinu 1977. Carl Woese i George E. Fox na temelju sekvenci gena ribosomalne RNA (rRNA). Izvorno je nazvan Archaebacteria i Eubacteria, koji je kasnije preimenovan u Archaea i Bacteria. Merriam Webster definira 'archaea' kao, 'mikroorganizme domene (Archaea), uključujući posebno metane koji proizvode forme, neke crvene halofilne oblike, i druge u oštrim vrućim kiselim sredinama (kao vrući izvor).'

Archaea je slična bakterijama u obliku i veličini; odatle potječe zbunjenost, ali neke arheje imaju vrlo neobične oblike, kao što su Haloquadratum walsbyi organizmi s ravnim i četvrtastim stanicama. Arheje su također najstariji otkriveni organizmi. Oni se kreću u rasponu od 0, 1 mikrometara (μm) do preko 15 μm u promjeru i pojavljuju se u različitim oblicima, uključujući sfere, šipke, spirale, ploče, lisnate stanice, igličaste niti i pravokutne šipke. Iako arhea izgleda slično bakterijama, ima gene i metaboličke putove koji su slični eukariotima, uključujući i tri RNA polimeraze. Archaea se oslanja na eterne lipide u staničnoj membrani za preživljavanje. Još jedna jedinstvena značajka arheje je da mogu preživjeti u ekstremnim uvjetima, kao što su ekstremno vruće, izuzetno hladne ili izrazito slane vode. Također, stijenkama arhejskih stanica nedostaje peptidoglikan, koji je prisutan u bakterijama. U većini arhea zid je sastavljen od proteina površinskog sloja, koji tvore kruto polje proteinskih molekula koje pokrivaju vanjsku stranu stanice, slično lančanoj. Archaea stječu energiju iz raznih izvora kao što su šećeri, amonijak, metalni ioni, vodikov plin, sunčeva svjetlost i ugljik, dok kao nusprodukt proizvode dušik, metan, sumpornu kiselinu itd. Arheje se razmnožavaju mjerama kao što su binarna fisija, fragmentacija ili pupanje. Archaea je igrala i nastavlja igrati veliku ulogu u ciklusu ugljika i ciklusu dušika na Zemlji.

Bakterije su najveća domena prokariotskih mikroorganizama. Vjeruje se da su oni među prvim oblicima života koji su se pojavili na Zemlji i prisutni su na većini staništa, uključujući stanovanje u tijelima ljudi, životinja i biljaka. Procjenjuje se da na Zemlji ima oko pet milijardi (5 × 10 ^ 30) bakterija. Iako su se prvotno bakterije smatrale biljkama koje čine klasu Schizomycetes, sada se svrstavaju pod prokariote. Za razliku od stanica eukariota, bakterijske stanice ne sadrže jezgru i rijetko imaju membranske organele. Izraz 'bakterija' je množina od nove latinske 'bakterije' i potječe od grčkog βακτήριον (baktērion) i βακτηρία (baktēria), što znači 'osoblje, štap ”koji se odnosi na oblik organizama koji su pronađeni na vrijeme. Izraz 'bakterija' korišten je za označavanje svih prokariota, iako je kasnije promijenjen, budući da su dodatna otkrića pronašla razlike među organizmima.

Bakterije su obično duljine nekoliko mikrometara, a nalaze se u različitim oblicima, uključujući koke, bacile, vibrio, spirile, spirohete i kockaste. Bakterijske stanice su približno jedne desetine veličine eukariotskih stanica i obično su duljine 0, 5–5, 0 mikrometara. Oblik bakterija određen je staničnom stijenkom i citoskeletom, koji mijenja i prilagođava kako bi primio odgovarajuće hranjive tvari, prianja na površine, pliva kroz tekućine i izbjegava predatore. Bakterijska stijenka okružena je lipidnom membranom koja obuhvaća i drži hranjive tvari, proteine ​​i druge bitne komponente citoplazme unutar stanice. Kao prokariote, bakterije nemaju organele koji su vezane uz membranu i stoga sadrže nekoliko velikih unutarstaničnih struktura. Nedostaju im prava jezgra, mitohondriji, kloroplasti i druge organele. Oni također imaju samo jednu RNA polimerazu. Stanična membrana sadrži esterske veze, dok su stanične stijenke napravljene od peptidoglikana. Bakterije rastu i razmnožavaju se asimetralno kroz binarnu fisiju.

Bakterije su važan dio planete i igraju veliku ulogu u recikliranju hranjivih tvari, kao što je fiksacija dušika iz atmosfere i truljenje. Čak iu ekstremnim uvjetima, bakterije osiguravaju hranjive tvari potrebne za održavanje života pretvaranjem otopljenih spojeva kao što su vodikov sulfid i metan. Bakterije također mogu naškoditi tijelu stvarajući različite bolesti kod ljudi, kao što su respiratorne bolesti, HIV, itd. Za mnoge bolesti, antibiotici se koriste za oslobađanje tijela od štetnih bakterija. Bakterije imaju i druge namjene kao što je tretman kanalizacije, razbijanje izlijevanja ulja, proizvodnja sira i jogurta, oporaba zlata, paladija, bakra i drugih metala.